San Nicolás ngày nay nằm trên lãnh thổ tỉnh Quahuitlán trước đây, nơi dân bản địa nói tiếng Quahteca hoặc Cuahuiteca, có thể là một phương ngữ Mixtec. Tututepec cai trị Quahuitlán đến khoảng năm 1497 thì bị Đế quốc Mexica đánh chiếm. Năm 1522, Pedro de Alvarado chinh phục vùng này cho Tây Ban Nha. Đến năm 1548, khu vực này là encomienda ban thưởng cho Tristán de Luna y Arellano.[6] Cuối thế kỷ 16, các trùm chủ trại gia súc Tây đưa cả người tự do lẫn nô lệ da đen và mulatto đến đây, đó là tổ tiên của phần lớn cư dân San Nicolás ngày nay.[7]

Năm 2004, cư dân San Nicolás và phụ cận bắt đầu ý tưởng tách khỏi Cuajinicuilapa để thành lập khu đô thị tự trị mới, chủ yếu do vấn đề thiếu thốn nguồn lực để phát triển.[8] Ngày 31 tháng 8 năm 2021, cơ quan lập pháp bang Guerrero phê chuẩn việc thành lập khu đô thị San Nicolás gồm 10 địa phương thuộc Cuajinicuilapa khi ấy. Bản sửa đổi hiến pháp bang liên quan đến việc thành lập khu đô thị được thông qua ngày 13 tháng 1 năm 2022 và có hiệu lực ngày 21 tháng 5 năm 2022.[9]